Bisher konnte ich nicht erkennen, mit welcher Installationmethode überhaupt installiert wurde!
Für den Anfang würde ich, da dass System ja scheinbar mit den Stick funktioniert, lediglich die Postinstalltion nicht!
Einfach das System mit den Stick booten und schauen, ob das Tool von Chris1111 funktioniert. falls noch keine Fortschritte erzielt wurden
Anleitung:macOS Sierra im laufendem System auf eine HDD/SSD installieren ohne Reboot.
Grundsätzlich ist es einfacher X99 nicht mit UEFI sondern mit Legacy zu installieren, es sind weniger Kexte und Konfigurationen notwendig, für den Anfang einfach einfacher!
BIOS Einstellunge: VDT- deaktivieren und CFG Lock - danach sind nur noch die bootflags: npci=0x3000 | cpus=1 notwendig
Und dieses Tool kann auch im Legacy installieren, ich selbst kann keinen Nachteil gegenüber UEFI erkennen, einzig und allein, der Support im Forum ist besser!