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Hey, wie ist die GPU den angeschlossen ?
Es spielt keine Rolle wie die Nvidia an den Monitor angeschlossen ist denn Quicktime benutzt an der Stelle die NVIDIA nicht zum decodieren sondern erledigt den Job auf der CPU sofern keine passende IGPU zur Verfügung steht. Apple und OS-X nutzen für solches Material Intels QuickSync Technik sprich den Hardware Encoder/Decoder der der iGPU und wenn es eben keine iGPU gibt wird auf der CPU gerechnet...
Unter linux ist vdpau zur Zeit auch broken
Kein scaling und extrem schlechte Bildqualität.
(Die haben bei den Aktuellen Treibern mächtig Mist gebaut)
Probiere es mal mit einer älteren Treiberversion
Eine super schnelle CPU bringt dann auch nichts, hier kommt es auf die iGPU drauf an.
Was bei dir fehlt ist schlicht und ergreifend die Quicksync Nutzung des Systems.
Deswegen folgende Fragen:
Reden wir hier von dem System mit dem i5 6500?
Wie ist die iGPU im BIOS eingestellt?
Hast du ACPI Patches aktiviert?
IG-Platform-ID gesetzt?
Dann schau mal hier vorbei: Quicksync, Virtual-Screen Abstürze und iGPU+ded. GPU mit Grafikbeschleunigung
Ja, das ist zu einem gewissen Teil genau dein Problem und zerschießen solltest du dir damit eigentlich garnichts... Das deine GPU kein Problen mit FCPX hat ist verständlich, denn dieses trifft nur auf die benutzung zweier GPUs zu. Aber machen wir es doch erstmal anders:
Aktiviert einfach mal die iGPU im BIOS und schau ob dein QuickTime Problem verschwindet und ein FCPX Problem auftaucht 
Naja die Auslastung entsteht weil FinalCut das Material auf der CPU rendert denn die NVIDIA wird von FXPX nur leidlich unterstützt und die IntelHD die eigentlich prädestiniert ist für den Job da sie einen Hardware Encoder besitzt ist ist nicht richtig installiert sprich in dem Fall eine loose loose Situation. Selbes gilt umgekehrt natürlich auch für die Wiedergabe mit Quicktime die Nvidia Karte wird nicht wirklich unterstützt und die IntelHD funktioniert in Deinem Fall nicht richtig das Ergebnis ist die CPU rendert den Quark und stößt dabei natürlich relativ schnell an ihre Grenzen. Sieh halt zu, dass Du die IGPU sauber zum laufen bekommst und die Probleme sollten sich erledigt haben...
