Das solltest du mal im Clover Configurator unter Boot.log anschauen.
Dort steht drinnen, ob eine KextsToPatch-Eintrag geladen wurde, oder nicht.
Mit dem aktuellsten Clover Configurator (4.41.0) gibt es ein kleines Problem...
Wenn man dort eine Zeile im KextsToPatch Bereich hinzufügt, werde der Punkt "MatchOS" und "MatchBuild" ebenso aktiviert, aber nicht mit Werten ausgestattet.
Beim Prüfen, ob der Eintrag nun genutzt werden darf, werden diese Felder ausgelesen... da da aber wohl der Wert "0" ausgelesen wird, der ja von der OSX Version 10.12.3 extrem abweicht, wird der KextsToPatch Eintrag nicht genutzt...
Wie gesagt, prüfe das Boot.log und verifiziere diese Info...
Ist dass der Fall, musst du mit einem anderen Text-Editor die leeren <key>-Einträge entfernen...