Seit letzten Wartungsupdate Ver. 10.13.3 17D102 keine USB 3.0 mehr

Prinzipiell würde ich damit anfangen, S/L/E von deinen Kexten zu befreien und diese in die EFI Partition verschwinden lassen.

Funktionieren die Ports gar nicht oder werden sie nur falsch erkannt?

@Lisa Hast du Clover Bootloader immer aktuell?
Dann drück doch mal im Clover Menu die Taste F11 um den NVRAM zu löschen, vielleicht erweckt das neues Leben unter deinen USB Ports.

Passen die Device Renames noch sprich EHC1 zu EH01 usw. im ACPI Bereich denn die UsbInjectALL hängt sich unter anderem daran und passen auch die UIExclude Einträge noch sofern überhaupt vorhanden!?

Die H97/Z97er hatten noch EHC1/EHC2 in der DSDT drinnen, während das bei den Skylakes erst verloren gegangen ist.