Nach Migration ständige Eieruhr

So ganz ohne weitere Hinweise werden wir da nicht helfen können: Um welches Betriebssystem in welchem Rechner handelt es sich denn, und bei welchem Programm mit welcher Belastung friert er ein? Ist es die Original-System-Platte aus dem Mac oder eine mit welchem Programm gemachte Kopie??

Du hast zwei x99-Systeme unter deinem Namen in der Signatur...
Unter deinem Profil sitzt natürlich nur eins, aber eine detaillierte Info wäre schon hilfreicher gewesen...

Wird vielleicht das macpro 4.1 smbios übernommen? Wenn ja, würde ich sagen, liegt da dein Problem. Ich bezweifele nämlich, dass ein X99 system gut mit dem smbios 4.1 arbeiten kann. Du musst ja einen bootloader installiert haben, Damit du es auf deinem x99 booten kannst. Welche system Definition steht da drin?

Bei mir sind die Systemplatten immer so ausgelegt, dass ich sie ohne Probleme zwischen den Rechnern wechseln kann, das heißt dann halt, alle möglichen Veränderungen in der EFI und im Patch-Teil von Clover unter zu bringen. Das ist nicht immer ganz einfach, hat sich aber bisher sehr bewährt.
Nur spielen da langsam die Sicherheitseinstellungen von diversen (i-)Programmen nicht mehr mit, aber für einen Start als Pannenhilfe reicht es immer.
Wenn es auf der Mac-Platte klemmt, kannst Du da natürlich auch einfach mal den kompletten Extentions-Ordner (System/Library/EXTENTIONS) löschen und den Installer nochmal da drüber laufen lassen. DAnn sind die Programme und Daten nicht verändert, aber das System schleppt keine falschen Anpassungen mehr mit sich rum.
P.S.: der Unterschied zwischen dem 4,1er und 5,1er MacPro ist absolut minimal. Die CPUs sind zwar etwas neuer, aber haben noch den gleichen Sockel, auch sonst wurde da viel zu wenig verändert. Die haben ja sogar die gleiche interne Model Number A1289.
Mit den gleichen Problemen des bei Hackintoshs meist störenden AppleTyMCEDriver-Kextes, aber ohne die Probleme mit der bei den meisten Hackintoshs nicht vorhandenen zweiten leeren AMD-Grafik-Karte des Tonnen-MacPro6,1 ab 2ß13.
Nur dass der 4er leider nicht mehr für Sierra vorgesehen ist.

Nicht platt machen! Clover ist ja eingerichtet und mit Daten bestückt.
Nun aus der Recoverpartition booten und die Apple ID eintragen, Installation anstoßen und aktualisieren via Time Machine.

Ja, genau! Oder eben von der Platte aus, mit der Du den Rechner eingerichtet hast!
Hatte denn Dein alter MacPro überhaupt irgendwelche Spezial-Teile an Bord, für die spezielle Zusatz-Kexte notwendig waren - oder bist Du noch ganz am Anfang? - Ich hatte es so verstanden, dass Du den neuen X-99er Rechner schon laufen hattest, bevor Du da die Platte aus dem nicht mehr laufenden MacPro übernommen hast. Und die bleibt jetzt hängen.