Sag Mal so wegen "System nicht richtig beendet" - kann es sein, dass Du die Platte "geklont" hast und dann beide angeschlossen lässt? Dann sind die Platten gleich und Du fängst mit booten von der USB Platte, dann geht OSX auf die "alte/ interne" und kommt durcheinander.
Klemme doch die interne Platte ab oder benenne die USB Platte anders.