Die EFI Partition ist eine System Partition. Im Gegensatz zu normalen Partitionen mountet OS X System Partitionen nur auf Befehl.
Das ist vernünftig, denn als normaler User hat man da nichts verloren und kann die Dinge eigentlich nur schlechter machen. Als User eines echten Macs würdest du die EFI Partition nie zu sehen bekommen - vermutlich nicht einmal wissen, dass es sie gibt.
Das was du jetzt gerade machst macht hat mit der "User Experience" bei einem echten Mac nichts zu tun. Das ist ein Hackintosh Ding. Du versuchst einen PC zum Mac machen und das erfordert Dinge, die du als User eines echten Macs nie machen müsstest/solltest/würdest.
Warum es einen EFI Backup Ordner gibt ? Weil der Autor der Software dachte es sei eine gute Idee.
Ich finde es für Einsteiger eher verwirrend, zumal es dann auch noch einen EFI Ordner auf der EFI Partition gibt und u.a. mehrere EFI Partitionen von denen dann vielleicht auch noch eine andere als die gewünschte verwendet wird.
Ein einfacher Test um zu sehen ob man die richtige Partition/config.plist editiert hat, ist es das "Theme" für den Clover Boot Loader Screen umzustellen.
Wenn dann beim Neustart, immer noch das alte Theme verwendet wird, weiss man das die config.plist, CLOVER Ordner bzw. EFI Partition nicht die sind von denen man will, dass sie verwendet werden.