Zu dem Linux Problem auf der 3. Platte habe ich spontan keine Lösung kann aber vielleicht zu Deiner Windows Thematik was beitragen...
Seit Vista verfolgt M$ bei Windows ein ähnliches Konzept wie Apple, denn neben der ausgelagerten Recovery Partition, die "Otto Normaluser" in der Regel unter Windows niemals zu Gesicht bekommt reserviert Windows die ersten 200 MB der Bootpartition und legt darin eine eigene Patition an, die als "System Res...." in Chameleon angezeigt wird. Anders als Apple platziert M$ hier jedoch lediglich den NTLDR also den Bootloader von Windows. In Deinem Konkreten Fall kannst Du lediglich dafür sorgen, dass Dir Chameleon nur noch "System Res..." anzeigt anstelle von beiden Partitionen. Folgender Eintrag in der com.chameleon.Boot.plist schafft Abhilfe:
part1,part2...,partx musst Du natürlich durch die Namen der Partitionen ersetzen, die Du verstecken möchtest. In Deinem Fall bietet es sich an die Windows Partition zu verstecken und die System Res... zu behalten. Sollte es Dich jetzt noch nerven, dass da nun "System Res..." steht und nicht Windows gibt es auch dafür einen Trick. Ebenfalls in die org.chameleon.Boot.plist einfügen:
Probier es aus, bei mir geht es so.