Als Root bezeichnet man immer das Hauptverzeichnis einer Partition.
wenn du in den "Sidebar"-Einstellungen des Finders die Festplatten aktiviert hast und dann diese in der Sidebar des Finder anklickst, kommst du automatisch in das jeweilige Hauptverzeichnis (Root).
Wenn du auf der Boot-Festplatte noch keinen Bootloader installiert hast, solltest du dies nachholen und am ehesten den gleichen benutzen, der auch auf deinem USB-Stick drauf ist.
Achte darauf, dass auch die Art der Installation dem des USB-Sticks entspricht.
Ist der mal installiert, kannst du den Inhalt des "EFI/CLOVER"-Ordners vom USB-Stick 1:1 auf den "EFI/CLOVER"-Ordner der Festplatte kopieren und dann normalerweise auch von dort starten.
Für dein LAN empfehle ich die Nutzung des IntelMausiEthernet Kexts, da die Intel V217 damit sehr gut läuft.
Wegen der Audio Geschichte würde ich dir die Nutzung von AppleALC nahe legen, da du damit nur in der Clover config.plist 2 Einstellungen machen (Acpi -> FixHDA und Devices -> Audio -> Wert "1" in das Feld oberhalb von "Inject" eintragen) und dann den Kext installieren musst, damit der Sound funktioniert.
Dies setzt aber voraus, dass die Original AppleHDA noch im System ist und keine weiteren HDA-basierenden Kexte vorhanden sind (VoodooHDA, realtec-ALC, HDA En- oder Disabler,...)