Kleines Update: Ich hatte ja bereits erwähnt, dass das bootflag npci=0x2000 oder alternativ npci=0x3000 einen Teil der Probleme zu beheben scheint.
Jedenfalls ist es so, dass durch das bootflag sowohl einen Großteil der Maushänger und die Probleme bei der CPU Auslastung beheben ließen.
In manchen Programmen gibt es auf gewissen Schaltflächen nach wie vor Probleme. Ein Freund mit einem richtigen Macbook konnte mir bestätigen, dass er die Probleme die ich habe (mit dem gleichen Programm auf gleicher Version) nicht hat. Also scheint es noch nicht 100% rund zu laufen.
Auch hatte ich geschrieben, dass wegen dieses Problems scheinbar auch ein Programm abgestürzt sei. Das war schlicht falsch. Der Grund hierfür war eine unvollständige Installation des Programms!
Für den Moment bin ich zufrieden.