Ich hab ein ähnliches Problem mir eingehandelt, nachdem ich die Displayreihenfolge _nach_ dem Login optimieren wollte.
So wie ich es wahrnehme, gibt mind 3 Sichten auf die Monitore:
1. im Boot/Bios Prozess -> Festlegung primary VGA und dort initialisierung der Ports auf der Karte. Primary Display kann über Porttausch umgezogen werden.
2. OS Boot (Apple Logo bzw verbose). Primary Display default erkennung durch OS ggfs über ACPI einstellbar (afaik gibt es ein Boot-display property in SSDT)
3. Login Screen (lässt sich nicht frei anordnen; hängt m.E. von DisplayID ab; kabeltausch zwischen z.B. DP Ports ändert die Reihenfolge nicht unbedingt)
4. User Desktop (lässt sich frei anordnen; Dispays werden aber vom OS durchnummiert). Reihenfolge hängt afaik nicht am Port sondern an der DisplayID.
=> wenn es gleiche Monitore sind => Kabel tauschen + Monitore umstellen bis die Reihenfolge in Sleep passt. Auf dem Desktop kannst Du es ja dann auch ensprechend anpassen.