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Schau mal ob Du beim Neustart bzw. beim Herunterfahren den Haken bei "Beim nächsten Anmelden alle Fenster wieder öffnen" auch entfernt hast. Ansonsten fährt OS-X bei Dir korrekt herunter oder gibt es beim herunter fahren Anzeichen einer Kernel Panik falls ja kann auch das der Grund dafür sein das die Programme sich automatisch wieder öffnen. Im Falle einer Kernel Panik versucht OS-X den Zustand vor der Panik wieder herzustellen.

Dann gibt es eigentlich nur noch die Möglichkeit das für beide Dienste Lauchservices erstellt wurden. Du kannst Dir mit diesem LaunchControl_1.32.2.tar.bz2 Programm einen Überblick über alle Launchservices verschaffen und so herausfinden ob es für Mail und Messages bei Dir irgendwelche Einträge gibt und diese dann ggf. entfernen.